A diversidade de doenças é grande, exigindo um criterioso controle para que hajam bons resultados sem causar maiores danos. As recomendações são as mesmas para as pragas, ou seja, o plantio de mudas resistentes e adaptadas ao local; manter o solo em boas condições; o uso de produtos naturais; no caso de infecção deve ser retirada as folhas, frutos e ramos e demais partes infectadas, queimando-os posteriormente.
Antracnose – Ataca ramos, folhas, flores e frutos. As folhas apresentam manchas escuras de tamanho e contornos irregulares formando áreas necrosadas. As inflorescências apresentam flores enegrecidas e caem. Nos frutos, surgem lesões irregulares envolvendo a casca com manchas pardas deprimidas que atingem a polpa. Surge principalmente no período chuvoso.. O sombreamento e a umidade excessivos bem como geadas e insetos, podem propiciar o desenvolvimento do fungo.
Controle: é preventivo com pulverizações iniciadas antes do florescimento e prosseguindo até alguns dias antes da colheita. Plantas atacadas: Abacate, Anona, Mamão, Manga, Maracujá, Videira.
Ferrugem – Aparecem pústulas arredondadas, recobertas de massa pulverulenta amarela ou parda na página inferior das folhas e nos frutos. Controle: Pulverizações com fungicidas; Plantas atacadas:Ameixa, Figo, Goiaba, Jabuticaba.
Fusariose – Doença de natureza vascular. Inicialmente apresentam murcha das folhas nas extremidades dos ramos, que posteriormente se generaliza por toda a planta, vindo em conseqüência um amarelecimento e posterior secamento de toda a parte aérea, produzindo aborto de flores e não vingamento dos frutos. Controle:Rotação de culturas. Fiscalização na lavoura. Erradicar e destruir as plantas atacadas; Plantas atacadas:Maracujá.
Gomose – O fungo ataca os troncos, raízes e ramos das árvores. Na região afetada, a casca se rompe e deixa escorrer um líquido de coloração parda. Formação de goma no fendilhamento da casca. Quando há um ataque em toda a periferia do tronco, a planta morre por estrangulamento. Controle: Plantio alto, capinas cuidadosas, evitando ferir o tronco e raízes. Promover maior arejamento do tronco ao nível do solo. Em árvores afetadas, raspar a parte doente e pincelar a ferida com pasta bordalesa. Evitar excesso de umidade, adubo orgânico e nitrogenados; Plantas atacadas:Abacate, Citros,Mamão.
Sarna – manchas na cor verde-oliva nas folhas e frutos, além de deformações dos frutos. Controle: pulverização de calda bordaleza;
Verrugose – ataca folhas, ramos e frutos que passam a apresentar manchas salientes de coloração cinza-escuro. Controle: calda bordaleza e fungicidas cúpricos.
Pomar Doméstico 